このゲームは、相手プレイヤーとの同期処理の精度が低いため、表示上のタイミングと実際の判定がずれることはよくあります。そういうゲームだと思って受け入れるか、そんなゲームとは付き合えないと思ってやめるか、どちらかを選ぶしかないと思います。
私の経験上、攻撃のときは、打球が飛んだ距離・方向、ランナーの走力、外野手の移動速度といった相手プレイヤーの操作とは無関係の要素をもとに、進塁の判断をしています。守備のときは、捕球する前に送球先を指定するようにして、それでも間に合わなければ、もともと間に合うタイミングではなかったと思い、諦めています。
ちなみに、私自身が過去に混乱したことを補足すると、このゲームでは、捕球してからタッチするまでの動作にわりと時間がかかります。そのため、タッチプレーのときは、ランナーが塁に着くよりも、たっぷり一呼吸前に塁上で捕球していないと、ランナーをアウトにできません。
たとえば、1死・走者1塁の場面で、相手バッターが内野ゴロを打った状況を考えると、(1)2塁→1塁の順でアウトを取りにいけば、二つともフォースプレーで済むのでタッチする必要はありませんが(つまり、ランナーが塁に着く前に捕球すれば自動的にアウトになります。)、(2)1塁→2塁の順にアウトを取ろうとすると、2塁はタッチプレーなので、ランナーが塁に着く前に(捕球に加えて)タッチまでしないとアウトにできません(ランナーが2塁に着く前に捕球していても、ランナーにタッチする時間がなければセーフになります。)。
今でも、気を抜いていると、アウトにできると思って送球したのにセーフになってしまい、冷静に状況を見たらタッチプレーだった、ということが時々あります。